L'inquinamento idrico è causato da numerosi e differenti fattori quali gli scarichi diretti o indiretti di attività industriali o delle normali attività umane (come i liquami domestici) che giungono nei fiumi, laghi e mari dai grandi centri urbani senza opportuno trattamento.Il tipo di alterazione sui sistemi idrici può essere di natura chimica o batterica, e le conseguenze possono arrivare a mettere in pericolo la salute della flora e della fauna coinvolta, fino agli uomini, nuocendo al sistema ecologico, alle riserve idriche per uso alimentare, e compromettendo le attrattive turistiche di alcune aree o ostacolare altri usi legittimi delle acque.
Inquinamento idrico è anche lo scarico in bacini idrici di acque a temperature molte elevate, provenienti dai sistemi di raffreddamento delle fabbriche e delle industrie, che portano allo squilibrio dello stato termico dell'acqua e uccidono le forme di vita presenti in essa.
l'inquinamento fluviale da parte degli scarichi agricoli causa l'eutrofizzazione dove i fosfati e i nitrati rilasciati alimentano le alghe che consumano ossigeno e soffocano la vita animale e vegetale.
L'inquinamento delle acque oceaniche è sviluppato oltre che dalla dispersione di idrocarburi (provocati dal rovesciamento di cisterne navali), anche da alcuni sottomarini a propursione nucleare che, rimasti affondati sui fondali, col passare del tempo verranno corrosi dalla salsedine, con conseguente rilascio di sostanze radioattive.
L'ecosistema viene intaccato da ciò che l'uomo rifiuta e adopera: le grandi crociere sono responsabili del 77% di tutti gli scarichi delle navi, percentuale che include liquami vari, plastiche, carburante ed emissioni chimiche derivanti dal funzionamento della nave stessa.
