L'apporto di sostanza organica migliora la struttura e la fertilità del terreno agrario in quanto fornisce composti umici che sono fondamentali sia per la vita degli organismi viventi, sia per la formazione degli aggregati strutturali che conferiscono, al terreno stesso, la porosità necessaria per la vita delle piante. Le proprietà della sostanza organica si possono ricondurre a due:
- Favorisce la formazione della struttura: dipende dal tipo di sostanza organica, dal grado di umificazione e dalla quantità apportata;
- Apporta sostanze nutritive: la quantità di nutrienti della sostanza organica non è ben definibile con un titolo dichiarato, come avviene per i concimi chimici, ma è variabile in relazione a diversi fattori che sono dovuti alla specie animale, alla presenza di lettimi, al tipo di stoccaggio, etc.
Gli effluenti zootecnici sono la più importante fonte di sostanza organica di reintegro per il terreno agrario e contemporaneamente, se male utilizzati, una fonte di inquinamento, da sostanze azotate per le acque.